- 引子：穿越，众神之战
- 第一章：出发，旅程的开始
- 第二章：收服波波
- 第三章：小月的加入
- 第四章：宝可梦中心的偶遇
- 第五章：爆炸，爆炸还是爆炸
- 第六章：常磐森林中的挑战
- 第七章：任务系统，真正的道馆战
- 第八章：道馆战，妙蛙种子进化
- 第九章：觉悟，现实与虚幻
- 第十章：道馆战，拉鲁拉丝的真正实力
- 第十一章：新的伙伴，但养不起
- 第十二章：月见山的皮皮
- 第十三章：到达华蓝市
- 第十四章：华蓝道馆
- 第十五章：对战理子老人
- 第十六章：水滴徽章，理子老人的请求
- 第十七章：雾中的相遇，宝可梦学院
- 第十八章：对决，宝可梦学院
- 第十九章：优藤家族，大师球的内幕
- 第二十章：正辉灯塔，巨大快龙的到来
- 第二十一章：巨大快龙，挑战的资格
- 第二十二章：等级制度，苦战
- 第二十三章：沙奈朵超进化，收服巨大快龙
- 第二十四章：到达枯叶市
- 第二十五章：逆鳞，挑战变踢馆
- 第二十六章：超级沙奈朵对战闪电鸟
- 第二十七章：圣特安努号上的假日
- 第二十八章：芳源训练家小泽
- 第二十九章：游轮上的战斗
- 第三十章：小智的到来，火箭队的阴谋
- 第三十一章：沉没的游轮